医院学科齐全，业务部门47个，临床部门35个，辅助诊所12个，临床教研室20个，博士授权学科28个，硕士授权学科33个，是临床博士后移动站。医院有10个国家重点学科，4个军事医学研究所，6个军事医学专业技术中心，2个上海医学领先专业重点学科，2个上海临床医学中心，是军事实验诊断重点实验室、国家药物临床研究基地、军事药物临床研究基地。